Das Raumordnungsverfahren für den Brenner-Nordzulauf wird von Bürgerprotesten begleitet. Laut der Regierung von Oberbayern gab es rund 30.000 Einwendungen von Bürgern sowie etwa 100 von Behörden, Institutionen und Organisationen.
Das Raumordnungsverfahren wurde jüngst abgeschlossen und dabei fünf Vorschläge der Deutschen Bahn für eine mögliche Trassenführung untersucht. Die Ergebnisse werden am 28.01.2021 bekanntgegeben.