Die vor knapp anderthalb Monaten abgeschlossene Elektrifizierung der Strecke München – Lindau zog auch eine Nutzung der Allgäubahn im Güterverkehr nach sich. So konnten im Januar 2021 Züge von Lokomotion, der LTE und ab 31.01. auch der Salzburger Eisenbahn TransportLogistik (SETG) nach / aus Wolfurt auf der Strecke beobachtet werden.
Am 14.02.2021 verkehrte mit 40540 Hegyeshalom – St. Magarethen erstmals ein Güterzug der ČD Cargo über die neu elektrifizierte Strecke: