Nach Anpassung des Bauprogramms wurden am 07.09.2021 die gestiegenen Gesamtkosten für den Brennerbasistunnel genehmigt. Bedingt durch die Auswirkungen der Covid-19-Pandemie, der neuen Bauloseinteilung mit späterem Fertigstellungs- bzw. Inbetriebnahmedatum und der effektiven Wertanpassung (bisher eingetretene und zukünftige Inflation) betragen die aktualisierten Bauwerkskosten rund 7,7 Mrd. EUR.
Die prognostizierten Gesamtprojektkosten fallen aufgrund der verschiedenen länderspezifischen Berechnungsmethoden unterschiedlich aus, nach italienischer Berechnungsmethode lagen sie 2017 bei 8,384 Mrd. EUR -> 2021: 8,795 Mrd. EUR, nach österreichischer Berechnungsmethode lagen sie 2017 bei 9,301 Mrd. EUR -> 2021: 9,567 Mrd. EUR.
Die EU-Förderung läuft weiter, die bisher zugesagten Finanzmittel können bis 2023 verwendet werden. Zur Deckung bereits ausgelegter Kosten erhalten Italien und Österreich seitens der Europäischen Union eine Kofinanzierung von 50 % für Planungs- und Erkundungsarbeiten sowie 40 % für Baumaßnahmen. Die Projektgesellschaft BBT SE wird für die nächste Finanzierungsperiode erneut Anträge stellen, um die EU-Kofinanzierung weiterhin zu erhalten.
Von den ca. 230 Tunnelkilometern sind aktuell 144 km ausgebrochen:
- 51 km Eisenbahntunnel
- 53 km Erkundungsstollen
- 40 km sonstige Tunnelbauwerke.

